少年牧真人的母亲葬身火海后，他随父亲与继母组成新家庭。深陷悲伤的真人阴郁孤僻，难以融入新环境。一次意外，他跟随一只会说话的苍鹭闯入废弃的神秘塔楼，却不料进入了奇幻的“亡灵世界”，开始了一场不可思议的冒险……影片片名致敬了小说家吉野源三郎在1937年发表的同名著书，但电影故事由宫崎骏原创。
故事背景在二战，宫崎骏明面上讲了一个异世界下的奇幻故事，实际上却是用这个异世界隐喻现实中的二战世界。这个隐喻也是全片最重要的核心，是宫崎骏要表达的主题。
第一隐喻是鹦鹉隐喻法西斯。在小女孩（真人妈妈）被鹦鹉国王带着去见祖父的时候，那些围观在国王身边的鹦鹉高举着很多牌子，牌子上写着醒目的字DUCH。DUCH是什么意思？这几个字母源于英语Dutch，宫崎骏很巧妙地想和观众玩一个字谜游戏，把中间的T去掉，转而把T移到了鹦鹉们举起的旗帜上。Dutch在十四世纪的古英语中就是“德语、德国”的意思，且它的词源又出自德语Deutsch，是德语中对自己民族的称谓，就是法西斯德意志君主制帝国。而鹦鹉们举起的旗帜也是法西斯旗帜的变形。所以鹦鹉就是法西斯。
第二个隐喻是积木。宫崎骏创造这个异世界，可以看出原本他想借用这个电影创造一个自己的理想国，但最后却发现这个想法无法实现。因为祖父对真人说过，积木（权力）还没有被邪恶污染，可以用它建一个无邪恶的国度，而此时真人却摸了摸耳边的伤口说道：这是我邪恶的证据。宫崎骏的意思就是说，真人只是个凡人，他体内同样拥有凡人所有的暴力与邪恶，留在耳边因打架而来的伤口就是证明，伤口是他自己砸的，他想借大人的力量（权利）去教训和他打架的同学，这个手段是卑鄙的，也说明了他内心邪恶的一面。所以让他接受那些积木他不是不敢，而是害怕，害怕自己的邪恶有一天会污染他手中的积木（权力），那时候真人将会成为新的法西斯。
其实祖父就是前车之鉴，他亲手创造了这个国度，也亲手创造了法西斯鹦鹉帝国，这是他自身的邪恶污染了积木（权力）的结果。现在他想让自己的孙子来改写自己犯下的错误，但孙子比当初的他更明智，他知道每个人都有自己的邪恶，没有人可以创造一个祖父引诱他时所说的无邪恶的只有美丽、富足、和平的国度。
第三个隐喻是鹈鹕、戴草帽持盆乞讨的人。被火女烧伤后即将死亡的那只鹈鹕对真人说，它们族群被强行带到这个地狱，在这里能吃的鱼很少，所以它们族群为了不被饿死只能选择去吃瓦拉瓦拉（人）。
所以，鹈鹕说的强行被带到这里，而且无论怎样飞飞多高也无法逃出这个地狱，而这个地狱在现实中就是法西斯二战爆发后的世界。那么，宫崎骏的意思也就很明显了，鹈鹕就是二战下被迫参战的士兵，而在战败之后，面对饥荒这些士兵不得不残食人类（瓦拉瓦拉）。为什么会觉得鹈鹕是士兵？一是因为它们可以飞，象征飞行器和军事力量。二是之前在远藤周作的《深河》中看到战败后越南日军的生活经历，面对饥荒和爆发的瘟疫，士兵只能吃死去的同类。而且史料中也记录了战败后大量日本兵因为饥荒几乎全军覆没的事迹。
而那些数量众多的戴草帽持盆乞讨鱼肉的人，是象征战后因饥荒饿死的平民的亡魂，所以桐子的工作就是每天捕鱼喂养它们。而且有一个细节是，桐子说过，喂养它们是为了防止它们害人。这就是说，现实中当时面对战后饥荒的平民也存在吃同类的现象。而且同类相食在历史上发生的饥荒中的确是非常普遍的事实。（据史料记载，战后日本因饥荒死亡人数达1百万）
第四个隐喻是妈妈火美。真人的妈妈火美第一次出现是在石匠屋，这里宫崎骏没有交代她的来历。但最后临走时，妈妈和桐子去了时空走廊的另一道门，且妈妈说这道门里的世界和真人的世界不一样。那就说明火美的世界是另一个时空，她是从另一个时空来异世界与真人相会的。临走时真人说，她长大后会经受被火烧死的命运，但她说她不怕火，这句话没有特别的意思，就等于是说她不怕死，她接受命运的安排。
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